방광염의 원인은 대부분 그람음성 호기성 장내세균인 대장균(E.coli)으로,항문 주위의 대장균이 요도를 통해서 방광에 들어와서 병을 일으키게 됩니다. 특히 여성의 경우 성생활이 밀접한 관계가 있는데, 이는 성병이란 의미는 아니고 단지 질 내에 서식하던 균이 성행위에 의해 요도로 이동하여 감염을 일으키는 것 입니다.
또한 정신적인 긴장이나 과로 등 피로가 지나쳐도 발생합니다